После сборки модулей их путь установки можно изменить переменной ''INSTALL_MOD_PATH'', где должен указан путь для префикса (''/usr''). При исполнении 

<code bash>
INSTALL_MOD_PATH='/usr' make modules_install
</code>

модули будут установлены по пути ''%%/usr/lib/modules/<kernel_ver>%%''