Примечание: в запускаемом скрипте не будет работать относительное импортирование. Он работает ИСКЛЮЧИТЕЛЬНО В МОДУЛЯХ

Представим, что есть проект с такой иерархией директорий:

 . project
 | - __init__.py
  \- app/
   |
   | - main.py
    \- test.py

Содержание __init__.py

from app.main import test_func
 
 
if __name__ == "__main__":
    print(test_func())

Содержание app/main.py:

from .test import get_modify_int
 
 
def test_func():
    return get_modify_int(2)

Содержание app/test.py

def get_modify_int(num):
    return num ** 2

__init__.py является исполняемым