Отключение звука так называемой «пищалки» можно произвести выгрузкой модуля ядра из рабочего ядра:

modprobe -r pcspkr

Для отключения её звука при загрузке ядра можно внести наименование модуля в список блокировок:

# /etc/modprobe.d/unload-pcspkr.conf
blacklist pcspkr